ゲマトリア
キヴォトスの外からやってきた、真理と秘儀の探究者たち。各々が異なる思想や美学に基づきながら、「崇高」にまつわる研究を行っている。
そんなゲマトリアの個性あふれるメンバーを一挙紹介！
※この記事はメインストーリー最終編、対策委員会編3章の内容を含みます。未読の方はご注意を！
黒服
自ら「黒服」を名乗る不気味な人物。合理と理論を重視しており、先生に対しては敬意と親愛をもって接する。
キヴォトスのオーバーテクノロジーに高い価値を見出しており、オーパーツやデカグラマトンに関心を向けている。
権力と知識によって弱者を支配する存在こそが「大人」であると唱えるが、いっぽう異なる価値観を持つ先生も認めており、可能であればゲマトリアに迎え入れたいと考えている模様。
カイザーコーポレーションとは協力関係にある。
・対策委員会編2章、最終編（過去エピソード）
アビドス砂漠に太古のオーパーツが眠っているという情報を掴み、カイザーPMCを使って捜索を行う。2年前からホシノに接触しており、「借金を肩代わりすることを条件に学校を退学する」という取引を持ちかけていた。
・対策委員会編2章
契約によってホシノの身柄を確保し、「キヴォトス最高の神秘」である彼女に恐怖を適用させようと試みる。しかし先生に契約の穴を突かれ、彼女を手放すことに。
・総力戦ストーリー「ビナー」
先生にデカグラマトンとは何かを告げる（が、実際のところこの解説は間違っている）。
・エデン条約編
ベアトリーチェにアツコの保護装置や巡航ミサイルといったオーパーツを提供する。
・最終編
シロコ＊テラーの襲撃を受け、満身創痍の状態に。ゲマトリアの一時解散を宣言し、先生にウトナピシュティムの情報を与える。
マエストロ
アーティスト気質の男。双頭の木人形。複製（ミメシス）を顕現させる力を持ち、芸術と称して人工天使シリーズ「聖徒の交わり」を制作している。
先生には「自分の理解者になってくれるかもしれない」という期待を抱いている。
・総力戦ストーリー「シロ&クロ」
先生と初邂逅。ミメシスとは何かを語る。
・エデン条約編3・4章
ベアトリーチェの要請に応じ、トリニティの古聖堂地下でアツコと取引。ユスティナ聖徒会の「威厳」をミメシスし、そこからアンブロジウス、ヒエロニムスを作成する。
・総力戦ストーリー「ヒエロニムス」
「聖徒の交わり」一体目・ヒエロニムスを完成させる。
・最終編
シロコ＊テラーに肉体を破壊されるも、黒服の手で修復され復活を果たす。
・総力戦ストーリー「グレゴリオ」
「聖徒の交わり」二体目・グレゴリオを完成させる。
ゴルコンダ&デカルコマニー
肖像画を抱える首無し男。画の中の人物が「ゴルコンダ」で、首無し男が「デカルコマニー」。お互いが虚像と非実在を象徴している。基本はゴルコンダが喋り、デカルコマニーは「そういうこった！」と合いの手を入れるのみ。
記号論・テクスト論によってキヴォトスを捉えており、自身もまたテクストを操る力を持っている。主な観測対象は実体化したうわさ「ライブラリー・オブ・ロア」。
実はデカルコマニーこそが本体で、その身は不死とされている。
・総力戦ストーリー「ペロロジラ」
先生と初邂逅。ライブラリー・オブ・ロアについて解説する。
・エデン条約編3・4章
テクストを利用することで「ヘイローを破壊する爆弾」を作り出し、ベアトリーチェに提供した。しかし望む通りの効果を確認することができなかったため、失敗作とみなす。
・最終編
狂気に呑まれたベアトリーチェをキヴォトスから消し去る。その後シロコ＊テラーの襲撃を受け、ゴルコンダはフランシスへと入れ替わった。
フランシス
ゴルコンダと入れ替わる形で現れた危険な男。デカルコマニーは沈黙を貫く。
・最終編
シロコ＊テラーの襲撃を機に出現し、先生に物語の終幕を告げる。
・対策委員会編3章
物語を続けるべく、地下生活者を解放する。しかし彼の機嫌を損ねたことで暴行を受けることに。
ベアトリーチェ
赤肌の女性。10年前にアリウスの生徒会長(=自治区の統治者)となり、子供たちに洗脳教育を施してきた人物。アリウス生からは「彼女」「マダム」などと呼ばれる。
他のメンバーとはそりが合わないことが多かったが、一学園自治区を掌握した実力は高く認められていた。
その目的はアツコを生贄とする「儀式」によって色彩のエネルギーを取り込み、世界を導く救世主になること。
・エデン条約編4章（過去エピソード）
10年前、アリウス自治区の特異な秘匿性に目をつけて内戦を鎮圧。その新たな支配者として君臨し、残っていた生徒たちに歪んだ教育を施していった。
ゲヘナやトリニティへの憎悪を継承するアリウス生はすなわち「殺害の意志」を宿すもの＝「人殺し」であり、その居場所はアリウス自治区にしかないのだと洗脳。
生の謙虚さを讃えるアリウスの教義は生の無価値を表す言葉として歪曲し、子供たちに絶望を植え付けた。のちにその手腕を黒服らに見出され、ゲマトリアの一員となる。
・エデン条約編1～3章
生徒らを統制するための方便としてアリウスに残るゲヘナ・トリニティへの憎悪を利用していたものの、両学園については一切の興味を寄せていなかった。
しかしミカがアリウス自治区を訪れたことを機に「聖徒会のミメシスを確保する」という野望を抱くようになり、スクワッドにエデン条約の強奪を指示する。
・エデン条約編4章
逃走を図るアリウススクワッドに追っ手を差し向け、アツコの身柄を確保。スクワッドには「自治区に戻りたければ先生を抹殺しろ」と指示し、儀式の準備に取り掛かる。
サオリたちの裏切りにも動じることなく、一度接続された「パス」を用いて聖徒会のミメシスを操る。そして聖女バルバラの力をもってスクワッドの排除を目論むも、サオリと和解を果たしたミカの手で阻止されることに。
「色彩」から得たエネルギーで肉体を変化させるが、サオリや先生たちに儀式を妨害され変身を解除されてしまう。そして志半ばのうちに、ゴルコンダ&デカルコマニーによって回収されることとなった。
・最終編
「色彩」に触れたことでその精神はいつしか狂気に蝕まれており、先生への憎悪に囚われるまま色彩をキヴォトスに招いてしまう。それはゲマトリアの面々にとって望ましくない行動であり、ゴルコンダの手でキヴォトスを追放されることとなった。
地下生活者
その危険性からゲマトリアを追放されていた男。世界をボードゲーム（TRPG）として捉えており、「苦行の中でいかに気付きを得られるか」を重要視している。独房に引きこもっていたため、「学園都市」となったキヴォトスを知らないらしい。
・対策委員会編3章
フランシスの訪問を受け、ゲマトリアの解散とキヴォトスの現状を知る。そして「奇跡の担い手」である先生をゲームのボスと定め、その攻略へと動き出す。
