エンジニア部
優秀な機械工「マイスター」が集まる、ハードウェアに特化した部活動。武器の修理や改造も担当している。
白石ウタハ
3年生。17歳。162㎝。誕生日は11/13。
部長。落ち着いているようでヘンテコ発明が大好き。やるからには全力を尽くす！がマイスターとしての誇りらしい。
自ら開発した椅子兼自動砲台の「雷ちゃん（雷の玉座）」をしばしば愛でている。自爆機能のないロボットは鉄クズだと思っている。演歌が好き。
使用武器はサブマシンガン「マイスター・ゼロ」。耐久性に優れているため、工具代わりに使うこともできる。
・絆ストーリー
ペン立てを作ったり、先生と一緒に雷ちゃんを修理したり、ネイルを体験してみたりする。
・パヴァーヌ編1章
部の下半期予算70％を投じて作った「光の剣」をアリスに譲渡。彼女が戦闘用に生み出されたロボットではないかと推察した。ミレニアムプライスには「光学迷彩下着セット」を出品し、受賞。
・キヴォトス晄輪大祭
ノアからの依頼を受け、エンジニア部で応援用ロボット（ほぼ戦車）を製造する。しかし応援用ロボットが反晄会の生徒に奪われてしまったため、責任を取るべくヒビキの作った学ラン衣装に身を包む。
・絆ストーリー（応援団）
各方面から応援ロボットの製作依頼を受けたウタハだが、音速レベルの挙動を追求した結果納期に間に合わなくなってしまう。しかしマイスターは一度受けた仕事を最後まで果たすもの。ウタハは学ランを装着し、自ら依頼主たちにエールを送るのだった。
・パヴァーヌ編2章
「エンジニア部最大の発明品を奪われた」のだからという口実で、部員たちと共にアリス救出作戦に協力。エリドゥに繋がる無人列車を突き止め、AMAS群を倒していった。
・最終編
エンジニア部総出で「虚妄のサンクトゥム」の構成分析、「ウトナピシュティムの本船」のハードウェア解析、遠隔サポートなどを担った。
猫塚ヒビキ
1年生。15歳。154㎝。誕生日は4/2。
口数が多い方ではないが、その胸にマイスターの矜恃を燃やしている。そしてやはり発明品には必ず変な機能を仕込む。お気に入りはBluetoothスピーカー機能。
実はコスプレ趣味があり、裁縫が得意。元ネタの世界観、時代背景等を重んじながら生地を選ぶらしい。
照れると耳が立ち上がる。
使用武器は迫撃砲「ファンシーライト」。
・絆ストーリー
野球部のためにマッハ2のピッチングマシーンを作ったり、不眠症に悩む人々のために失神鉄パイプを開発したりするヒビキ。先生に窘められたりしながら、やがて「誰かの気持ちを考えることも大切なのではないか」という思考に至る。
・パヴァーヌ編1章
ゲーム開発部のセミナー襲撃に加担し、ウタハとともにカリンの足止めを担った。
・キヴォトス晄輪大祭
自作のチアガール衣装に身を包む……が、昔作ったものをリメイクしたためスカート丈が少し気になる。
・絆ストーリー（応援団）
再びチアガール衣装に着替え、業務に追われる先生を応援。自爆機能付きワープロやBluetooth機能付きポンポンも開発する。
・パヴァーヌ編2章
半年分の予算を注ぎ込んで作った「最新式遠隔スピーカー（※追尾ミサイル）」を炸裂させ、アバンギャルド君を撃破する。
豊見（とよみ）コトリ
1年生。15歳。151cm。誕生日は12/31。
豊富な知識を持ち、他者の些細な疑問に対しても詳細な説明や解説を提供することができる。勿論それは善意からの行動なのだが、説明が長すぎるあまりに相手に逃げられてしまうこともしばしば(自分でも気にしている様子)。
使用武器はマシンガン「プロフェッサーK」。別名EX-Plain。
・絆ストーリー
先生から解説を求められて舞い上がるコトリだったが、先生の「知りたいこと」とはコトリ自身についてであった。予想外の質問に対し、コトリは動揺。「普段は色んな知識を吸収したり、新しいメガネを探したり、先生のことを考えたり……」とつい失言してしまい、その場から逃走する。
その後。先生のスマホには「情報の整理ができたら報告します」「ちゃんと」「ちゃんと答えを、出しますので」というメッセージが送られてくるのだった。
・パヴァーヌ編1章
マキとともにアカネを足止めする。その後、ミレニアムプライスの司会進行を担った。
・キヴォトス晄輪大祭
ヒビキの作ったチアガール衣装を身に纏う。選手としても障害物競走に出場。
・絆ストーリー（応援団）
晄輪大祭の運営に携わる先生だが、次から次へと本部に人が押し寄せてろくに休憩も取れない。そんな時、助太刀に現れたコトリがそれらの対応を引き受けてくれる。
先生は感謝し、後を任せる……が、休憩時間が終わるとコトリは妙にへこんでいた。いつもの説明癖を発揮してしまい、来る人来る人を「もう十分！」と退散させてしまったのだ。しかしそれは先生にとって喜ばしいもので、先生に褒められたコトリは笑顔を取り戻すのだった。
・パヴァーヌ編2章
箱舟顕現の危機に際し、エンジニア部の皆で「アバンギャルド君MK.2」を駆ってDivi:Sion殲滅に貢献した。
ヴェリタス
真理（Veritas）の守護者を名乗るハッカー集団。非公式な部活ではあるが、ミレニアムのセキュリティプログラム開発などにも大きく貢献している。
各務（かがみ）チヒロ
3年生。17歳。160cm。誕生日は4/26。
副部長。ヒマリが特異現象捜査部の部長を兼任することとなったため、その代理を務める。後輩たちが束になっても敵わないほどの卓越したプログラミング能力を持つが、その力を乱用しないよう心掛けている。
使用武器はアサルトライフル「バックドア」。暗号化されたパスワードを手に入れるにはこれを使うのが最も手早い、らしい。
・バレンタイン
ヴァルキューレのセキュリティシステムをチェック。その杜撰さに呆れかえる。
・絆ストーリー
チヒロはいくつかのIT企業と契約し、サーバーメンテナンスやセキュリティチェックを引き受けながら部の活動資金を得ているようだ。ひと仕事終えたチヒロは、先生とともに缶コーヒーを飲む。
・キヴォトス晄輪大祭
セミナーからの依頼で電算処理のアレコレを引き受けたり、RABBIT小隊を迎え撃ったり。多忙さゆえか体調を崩してしまうが、ヒナによって合同医療本部に運ばれ回復を果たす。
・パヴァーヌ編2章
スミレとともにセミナーの差押品保管所から「鏡」を奪取し、リオによって掌握されたエリドゥの通信網を復旧させる。そして以降、実働部隊のナビゲートや「アビ・エシュフ」の性能分析などを担当した。
・最終編
部員たちと共に地上からの「本船」管制を担当。本船が箱舟のハッキングを受けた際には、そのリンクを切断するためコンマ秒の電子戦を繰り広げた。
・（電脳）新春行進曲
ハレ・マキ・コタマの出不精っぷりを案じ、彼女らを東アルプスのキャンプ場に連れ出す。夜には水炊きや年越しうどんを振る舞い、ハレたちを喜ばせた。
小鉤（おまがり）ハレ
2年生。16歳。153㎝。誕生日は4/19。
エンジニアとしての技術も持つ天才少女。自作の球形ドローン「アテナ3号」を周囲に漂わせている。重度のエナドリ中毒。インドア派でゲームや映画鑑賞が趣味。
使用武器はアサルトライフル「オートエイマー」。名の通り自動照準機能を始めとした様々な最先端の機能が搭載されているが、ほとんど使っていない様子。
・絆ストーリー
大衆向け映画のステレオタイプなハッカーの描写に憤慨し、制作会社のHPをハッキングしようとするハレ。その姿は彼女が自分で語ったステレオタイプなハッカーの姿そのままだった。
・パヴァーヌ編1章
ゲーム開発部のセミナー襲撃に協力し、エンジニア部とともに作戦立案を行った。
・キヴォトス晄輪大祭
大運動会で使用されるドローンの設計を担当。ジュンコに頼まれ、USBメモリのロックを解除する。
・パヴァーヌ編2章
ミレニアム郊外で発見されたロボットをヴェリタスで解析。その構造に奇妙なものを感じ、部室に先生を呼ぶ。その後、マキ・コタマとともに電子戦でゲーム開発部のエリドゥ攻略をサポートした。
・最終編
虚妄のサンクトゥムや本船のオペレーティングシステムを解析。
・（電脳）新春行進曲
カフェインの離脱症状に悩まされ、山中でエナドリ味の草を探し始める。
はじめは電子機器の使えない環境に不満を述べていたが、静かな年越しや山頂で見る初日の出に心震わせることに。
・絆ストーリー（キャンプ）
ハレのPCがハッキングされ、「キヴォトスで最も多くの情報を持つサーバーがここに」という不審なメールが届いた！示された座標に従い、山へと登ったハレと先生は古い天文台に辿り着く。膨大な情報を持つ星々にアクセスできる天文台は、ともすれば「すごいサーバー」と呼ぶことができるかもしれない……。
「空の上にある遠くの星へ、敬意を込めた挨拶を」
「こんにちは、お元気ですか？」
先生と夜空に想いを馳せたハレは、帰ったのちにメールの差出人がチヒロであったことを知る。彼女は引きこもりがちなハレを外出させようとしたようだ。
小塗（こぬり）マキ
1年生。15歳。149㎝。誕生日は8/1。
グラフィティ好きのイタズラ少女。明るく無邪気な性格で、先生の注意を聞き入れる素直さも持つ。
自分を問題児扱いせず、才能を認めてくれるヴェリタスに居心地の良さを感じているらしい。ヴェリタスのエンブレムも作成した。
使用武器はペイント弾を装填・発射できるマシンガン「オートラッカー」。
・絆ストーリー
汚い壁に不良たちがゴミを捨てていると知ったマキは、せめてイメージを変えることができないかとそこに可愛い絵を描く。すると被害は激減、壁の持ち主からグラフィティの許可を与えられることに。マキは喜び、先生とともにスプレーを吹く。
・パヴァーヌ編1章
G.Bibleの解析を担当。その解凍にヒマリの「鏡」が必要であると判明したため、ゲーム開発部への協力を決断。コトリとともにアカネを引き付ける。
・キヴォトス晄輪大祭
ハレの代わりに騎馬戦に出場。ハレから借りた「アテナ3号」のホログラム投射機能を使用し、百鬼夜行メンバーを惑わせる。しかし彼女らの忍術を前に敗れることに。あとでチヒロにバレる。
・パヴァーヌ編2章
アリス救出作戦に参加し、実働部隊の遠隔サポートを担う。アバンギャルド君Mk.2のデザインも監修。
・最終編
色彩ビナー戦では対策委員会らの遠隔サポートを担当。彼女らの予想以上の戦闘力に目を丸くする。
・（電脳）新春行進曲
電波を求めて山中を徘徊していたところ、突如インスピレーションを得て洞窟壁画を描き出す。その壁画はのちに「古代の終末預言なのでは」と騒がれることに。
音瀬コタマ
3年生。17歳。158㎝。誕生日は1/5。
口数少なめ盗聴魔。シャーレに盗聴器を仕掛けて先生の生活音を収集している。ネット弁慶で、歳下にもつい敬語を使ってしまう。
使用武器はピストル「エコーリンク」。傍受の妨げにならないよう発射音が最小化されている。
・絆ストーリー
何かと先生にプレゼントを渡そうとするコタマ。しかしその内部には必ず盗聴器が仕掛けられていた。会話が苦手なコタマは、先生の秘密を握ることで余裕を持ちたかったようだ。
・パヴァーヌ編1章
先生の携帯の中身を覗くために「鏡」を用いようとした結果、あえなくユウカに没収される。
・キヴォトス晄輪大祭
RABBIT小隊の襲撃に対応。やっぱり会場に盗聴器を仕掛けていた。
・パヴァーヌ編2章
チヒロが「鏡」を奪取したのち、ハレ・マキとともに通信網の維持に努めた。
・最終編
色彩ホド攻略戦でエリドゥの暗号解析を担当。温泉開発部の所業に呆れかえる。
・（電脳）新春行進曲
先生のレコードを作るべく、こっそり靴に小型録音機を仕込んでくる。が、チヒロにバレて没収されることに。初日の出に感動するも、すぐに引きこもり生活へと舞い戻った。
・絆ストーリー（キャンプ）
山で環境音の収集を試みるコタマ。木の幹にそっと寄り添ってその息吹を感じたり、先生と木霊を楽しんだりする。
トレーニング部
乙花（おとはな）スミレ
2年生。16歳。167㎝。誕生日は8/20。
部長にしてフィットネスセンターの安全責任者。運動を心から愛しており、先生のことを「トレーナー」と呼ぶ。他者にもトレーニングを勧めるが、どうしても自分の体力を基準にメニューを組んでしまうところがある。
使用武器はショットガン「ミレニアム製最新型ダンベル」。撃つたびに腕立てを繰り返せば自ずと筋肉が身に着くという代物。つまりダンベルではない。
・絆ストーリー
筋肉の損失を恐れるスミレは、運動できない日が続くとつい焦って無理なトレーニングを行ってしまうようだ。そこで先生は、彼女を見守る「トレーナー」の役割を引き受けることに。
・キヴォトス晄輪大祭
ノアの依頼で選手のコンディションチェックを行う。本番では各種競技で大活躍。
・パヴァーヌ編2章
キャンパス内をジョギングしているうちにアリス仲良くなったらしい。
リオのマーク外であったことを利用し、チヒロとともにセミナーの差押品保管所から「鏡」を奪取してみせた。
・グループストーリー「トレーニング部」
レイが夢見たホームランの光景を思い出させるため、彼女をゲヘナのスタジアムに連れていく。
・（電脳）新春行進曲
ホームランを打ちたいというレイを東アルプスに連れ出し、トレーニングを課した。
野正（のまさ）レイ
ミレニアム野球部の4番。入部テストで打率0割8分を記録した期待の新人。憧れのホームランを打つべく、トレーニング部に仮入部中。
・グループストーリー「トレーニング部」
ホームランを打つには筋力が大事なのでは、と考えるレイだったが、ミレニアム野球部は道具の改良とデータを重視する理論派集団。運動やトレーニングについて知識を持っている生徒はいなかった。
そこで部長の勧めを受けたレイは、大会に向けてトレーニング部に仮入部する……が、待ち受けていたのは過酷なトレーニングの日々であった！
・（電脳）新春行進曲
スミレによって山中での訓練を強いられ、クマとの鬼ごっこを演じる。
